Le tremblement de terre s'est produit à 05H49 locales (vendredi 20H49 GMT) et son épicentre se situait dans la baie de Tokyo, à une profondeur de 57 kilomètres, d'après l'agence japonaise de météorologie, qui a elle évalué sa magnitude à 5,2.
La capitale a tremblé pendant environ 10 secondes, une partie ressentant des secousses de niveau 5 sur l'échelle japonaise, signifiant qu'une personne peut trouver difficile de se maintenir debout.
Quinze blessés ont été signalés, dont une femme de 83 ans qui s'est cassé la jambe en tombant de son lit, a rapporté le quotidien à grand tirage Yomiuri.
Des images télévisées ont montré des morceaux de revêtement d'un mur d'un immeuble d'habitation du quartier de Setagaya tombant et se brisant au sol.
Le séisme a par ailleurs provoqué la rupture de canalisations et des fuites d'eau et au moins cinq personnes se sont trouvées bloquées dans des ascenseurs, a rapporté la chaîne publique NHK. L'agence de météorologie a précisé qu'aucune alerte au tsunami n'avait été lancée. Elle a révisé la profondeur à 57 km après avoir donné un chiffre de 70 kilomètres juste après la secousse.
Dans la commune de Chufu, située dans la préfecture de Tokyo, les secousses n'avaient pas été aussi fortes depuis celles du 11 mars 2011, déclenchées par un méga séisme de magnitude 9,0 au large des côtes nord-est qui avait provoqué un gigantesque et meurtrier tsunami et la catastrophe nucléaire de Fukushima.
"Il faut être vigilant car des répliques peuvent se produire dans les trois ou quatre jours à venir", a déclaré un sismologue de l'Agence nationale de météorologie.
Les trains et métros de la capitale ont été arrêtés momentanément pour vérifier les voies.
"Il faut aussi veiller aux risques accrus de glissements de terrain, du fait des sols fragilisés par les fortes pluies de la semaine", a ajouté le spécialiste de l'agence. Le Japon vient de connaître ses pires pluies depuis des décennies, dans lesquelles quatre personnes ont perdu la vie et plusieurs sont portées disparues.
Tokyo redoute à tout moment dans les prochaines décennies le "Big One": un très fort séisme de magnitude 7 ou supérieure dont l'épicentre se trouverait sous la capitale et qui, selon l'expert de l'agence de météorologie, serait d'une ampleur 1.000 fois supérieure à celui de samedi. Des plans de secours sont prêts et des exercices effectués régulièrement.
Les constructions de la mégapole sont dotées de systèmes parasismiques censés permettre de résister à une séisme très violent (niveau le plus élevé des secousses ressenties sur l'échelle nippone).
Le Japon est situé à la jonction de quatre plaques tectoniques et enregistre chaque année plus de 20% des tremblements de terre les plus puissants recensés dans le monde.
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